五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的毁灭。两名搭档决定彻查此事，但是神秘且难以抗拒的力量无时无刻不在阻挠他们追寻真相的脚步…… 本片为同名美剧的第一部剧场版。这部电影版的《x档案》里，最重要的题材“外星人”发挥了很大的情节推动力，这样的情节推动力使得电影前半部分非常的好看。外星人的阴谋、政府的隐瞒、病毒、外星人的新物种，这些让科幻迷们热血沸腾的因素都聚集在电影中。最后一切的谜团依旧不清晰，但是新的X档案已然开启。穆德和搭档又要开始新的调查行动了。